尼玛县地处羌塘高原大湖盆地带，北有昆仑山、可可西里山，南有冈底斯山。地势北高南低，地形以高原丘陵平地为主，全县平均海拔在5000米以上。北部为幅员辽阔的“无人区”。 尼玛县境内主要山峰有藏色岗日、江爱达日那、角木日、岗日伯鲁等，海拔均在6000米以上。最高峰藏色岗日，海拔6460米。还有昆仑山、可可西里山，冈底斯山。 境内湖泊众多，均为典型的高原封闭型湖泊。主要有当惹雍错、昂孜错、布若错、依布茶卡等，湖面海拔均在4500米以上，其中布若错湖面海拔5158米。这里湖泊、雪山、蓝天融为一体，能使人领略到藏北高原天地苍穹的真正意境。 当惹雍错 当惹雍错位于西藏自治区藏北高原中部，色林错西边。又称当热错、唐古拉攸穆错、唐古拉湖。海面海拔4535米，面积835 平方千米。300万年前形成湖泊。从东北向西南延伸，南北长约80余千米。
昂孜错 昂孜错，位于拉萨西北460公里，尼玛县境内。面积84,000公顷，海拔4,535米。是一个大型咸水湖和毗邻的微咸水沼泽，水源来自周围山峰的径流和邻近地区更小湖泊的出水。 玛尔果茶卡湖 玛尔果茶卡湖亦称“萨尔罗嘎措”，意为“红废墟盐湖”。 在那曲地区尼玛县境内，位于县驻地西北，海拔4830米，面积80平方公里。系盐湖。 玛尔盖茶卡湖 玛尔盖茶卡湖亦称“绥加措”。曾称“亦基台措”、“约基台措”和“希妙尼斯湖”(均为外来语),意为“红沟坎盐湖”。在那曲地区尼玛县境内，位于县驻地西北，海拔4785米，面积80平方公里。系盐湖。 马尔下措 马尔下措亦称“马而下措”,意为“红脸湖”。在那曲地区尼玛县境内,位于县驻地以西,海拔4694米,面积68平方公里。属咸水湖。